Η Ελένη Καραΐνδρου γεννήθηκε στη Φωκίδα και μεγάλωσε στην Αθήνα. Σπούδασε πιάνο και μουσική θεωρία στο Ελληνικό Ωδείο και ιστορία και αρχαιολογία στο Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο της Αθήνας. Το 1967 εγκαταστάθηκε στο Παρίσι όπου σπούδασε εθνομουσικολογία και ενορχήστρωση. Στη συνέχεια άρχισε να συνθέτει δημοφιλή τραγούδια.

Το 1974 επιστρέφοντας στην Αθήνα, δημιούργησε ένα εργαστήριο παραδοσιακών οργάνων και συνεργάστηκε στο ραδιόφωνο με το τμήμα εθνομουσικολογίας. Το 1976 ανακάλυψε την ECM Records και άρχισε να ενδιαφέρεται για την κινηματογραφική και θεατρική μουσική.

Το πρώτο της σάουντρακ ήταν το 1979 για την ταινία του Χριστόφορου Χριστοφή "Περιπλάνηση". Το 1982 κέρδισε το βραβείο στο Φεστιβάλ Κινηματογράφου της Θεσσαλονίκης και την πρόσεξε ο Θόδωρος Αγγελόπουλος, που ήταν πρόεδρος της επιτροπής. Συνεργάστηκαν στα τελευταία οκτώ φιλμ του διάσημου Έλληνα σκηνοθέτη, από το 1984 ως το 2008.

Μεταξύ των σπουδαίων μουσικών με τους οποίους έχει συνεργαστεί είναι ο Jan Garbarek και ο Μάρκος Αλεξίου. Έχει γράψει πολλά σάουντρακ και μουσική για το θέατρο και την τηλεόραση.